En primer lugar, los reemplazos o las reglas de ignorar solo se aplicarán a las nuevas URL generadas. (Es necesario evitar páginas 404 en URL antiguas que podrían perjudicar el SEO).
Tendrás que actualizar las URL directamente en el panel Linguise y crear tus reglas de redirección en tu archivo .htaccess.
Ahora, en cuanto a las reglas que no se aplican en el contenido html, podría deberse al caché local .
Puede borrar el caché local en la configuración de la extensión en el lado de administración de su sitio web. Simplemente presione el botón "Borrar caché" y debería estar bien. Si tiene otros servicios de caché frente a su sitio web, como Cloudflare, es posible que también deba borrarlos.